Cześć! Nazywam się Karolina Ciemińska i od lat pasjonują mnie bakteriofagi! Powiem o sobie kilka słów, żebyście mnie lepiej poznali.
Wykształcenie
Swój licencjat zrealizowałam u dr. hab. Szymona Ziętkiewicza w Zakładzie Biochemii Białek Instytutu Biotechnologii na Międzyuczelnianym Wydziale Biotechnologii UG i GUMed. Była to praca teoretyczna, w której skupiłam się na tym, jak określić stabilność ludzkiego białka CLPB w roztworze”. Miałam też możliwość udziału w pracy praktycznej, z której chętnie korzystałam.
Pracę magisterską zrealizowałam pod promotorstwem Profesor dr hab. Alicji Węgrzyn w Katedrze Biologii Molekularnej Wydziału Biologii UG. Tam zajęłam się tym, co mnie najbardziej interesowało – bakteriofagami! Celem mojej pracy była charakterystyka cykli życiowych trzech bakteriofagów, które namnażały się na szczepach Salmonella enterica (w pracy analizowałam dwa szczepy S. Enteritidis
i dwa szczepy S. Typhimurium). Cykle życiowe tych fagów badałam w trzech różnych temperaturach, przy różnej wielokrotności zakażenia (można to ująć jako „stężenie” faga w hodowli) oraz w hodowli płynnej i biofilmie.
Aktualnie jestem Doktorantką w Szkole Doktorskiej przy Wydziale Biologii, gdzie moją promotor jest dr hab. Magdalena Płotka, Profesor UG. Zajęłam się poznaniem mechanizmu stabilności termicznej endolizyny Ts2631 pochodzącej z bakteriofaga vB_Tsc2631 infekującego bakterie Thermus scotoductus. Badania realizowałam skupiając się na sekwencji aminokwasowej endolizyny. Ponad to, po zbadaniu mechanizmu chciałam się dowiedzieć, czy znajdując strukturalne homologii endolizyny Ts2631 o pochodzeniu mezofilnym mogę podnieść stabilność termiczną tych białek. Porównywałam ze sobą sekwencje endolizyny Ts2631 i mezofilnego strukturalnego homologu. Jeśli aminokwas, który w sekwencji mezofilnego białka był inny niż ten, który odpowiada za stabilność termiczną endolizyny Ts2631, to zamieniałam go na ten, który za tę stabilność odpowiada.
Publikacje
Poniżej znajdują się publikację, których jestem współautorem, od najnowszej, do najstarszej. Pierwsza z nich nie jest jeszcze opublikowana, tylko jest w trakcie recenzji
- Ciemińska K., Kaczorowska A-K., Pawel Kozlowski L. P., Gorniak M., Fridjonsson O. H., Hreggvidsson G. O., Kaczorowki T., Plotka M. Residue-level determinants of the thermal stability of the extremophilic Ts2631 endolysin, 10 November 2025, PREPRINT (Version 1) available at Research Square [https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-7963567/v1]
- Tomasz Swebocki, Aleksandra M. Kocot, Karolina Cieminska, Clovis Bortolus, Jérôme
Muchembled, Meroua S. Mechouche, Justine Jacquin, Kamel Haddadi, Ali Siah, Boualem Sendid,
Rabah Boukherroub, and Magdalena Plotka. (2025). Breaking through Microbial
Defenses-Organic Acid-Based Deep Eutectic Solvents as a Neoteric Strategy in Bacterial Biofilms, Persister, and Fungal Control. ACS Applied Bio Materials Article ASAP. doi:
10.1021/acsabm.5c01159 - Kocot AM, Swebocki T, Ciemińska K, Łupkowska A, Kapusta M, Grimon D, Laskowska E,
Kaczorowska AK, Kaczorowski T, Boukherroub R, Briers Y, Plotka M. Deep eutectic solvent
enhances antibacterial activity of a modular lytic enzyme against Acinetobacter baumannii. Sci
Rep. 2025 Jan 15;15(1):2047. doi: 10.1038/s41598-024-80440-z. PMID: 39814769; PMCID:
PMC11735859. - Kosznik-Kwaśnicka, K., Podlacha, M., Grabowski, Ł., Stasiłojć, M., Nowak-Zaleska, A., Ciemińska,
K., … & Węgrzyn, A. (2022). Biological aspects of phage therapy versus antibiotics against
Salmonella enterica serovar Typhimurium infection of chickens. Frontiers in cellular and infection
microbiology, 12, 941867. - Kosznik-Kwaśnicka, K., Ciemińska, K., Grabski, M., Grabowski, Ł., Górniak, M., Jurczak-Kurek, A., … & Węgrzyn, A. (2020). Characteristics of a series of three bacteriophages infecting Salmonella enterica strains. International journal of molecular sciences, 21(17), 6152
Konferencje
Brałam udział w wielu konferencjach, w niektórych z wymienionych zostały podane konferencje, gdzie zostały pokazane wyniki badań, jakie uzyskałam, ale nie przeze mnie. Konferencje są posortowane od ostatniej do najstarszej. Podczas IV Sympozjum Bakteriofagowego uzyskałam wyróżnienie w konkursie na najlepszy wygłoszony referat przez młodych naukowców.
- Ciemińska Karolina, Aleksandra Kocot, Olesia Werbowy, Marcin Jąkalski, Magdalena Płotka:
Prophage Diversity and Potential Endolysins in Clinical P. aeruginosa Strains: 1st Phage Protein
Meeting, Gandawa, Belgia, poster - Ciemińska Karolina, Anna-Karina Kaczorowska, Łukasz Paweł Kozlowski, Tadeusz Kaczorowski,
Magdalena Płotka: Molekularne podstawy termostabilności endolizyny Ts2631 z bakteriofaga
vB_Tsc2631 – rola wybranych aminokwasów w stabilności i aktywności enzymu, 2025, IV
Sympozjum Bakteriofagowe 2025, referat wygłoszony - Kocot Aleksandra, Swebocki Tomasz, Ciemińska Karolina, Łupkowska Adrianna, Kapusta
Małgorzata, Grimon Dennis, Laskowska Ewa, Kaczorowska Anna, Kaczorowski Tadeusz, Płotka
Magdalena: Deep eutectic solvent enhances antibacterial activity of a modular lytic enzyme
against Acinetobacter baumannii, 2025, 1st International Conference on Advancements of
Microbiology „The relevance of microbes in tackling threats to health and environment” 2025,
poster - Ciemińska Karolina, Kaczorowska Anna, Kozłowski Łukasz Paweł, Kaczorowski Tadeusz, Płotka
Magdalena: Deciphering the molecular mechanisms behind Ts2631 endolysin’s thermal stability
to improve thermostability in structural homologs, 2024, 9th International Weigl Conference
2024, referat wygłoszony - Płotka Magdalena, Kocot Aleksandra, Swebocki Tomasz, Ciemińska Karolina, Łupkowska
Adrianna, Kapusta Małgorzata, Laskowska Ewa, Kaczorowska Anna, Kaczorowski Tadeusz, Płotka
Magdalena: Modularne lityczne enzymy stosowane do zwalczania bakterii Gram-ujemnych,
2024, III Sympozjum Bakteriofagowe 2024, referat wygłoszony - Ciemińska Karolina, Kocot Aleksandra, Swebocki Tomasz, Kosznik-Kwaśnicka Katarzyna , Kloska
Anna, Sowik Daria, Jankowska Elżbieta, Kuś Arkadiusz, Kujawińska Małgorzata, Płotka
Magdalena: RAP-29 – peptyd ukryty w sekwencji aminokwasowej endolizyny PhiKo jako
narzędzie do walki z patogenami z grupy ESKAPE, 2024, III Sympozjum Bakteriofagowe 2024,
poster - Kocot Aleksandra, Ciemińska Karolina, Majkowska Aleksandra, Kaczorowski Tadeusz, Grimon
Dennis, Briers Yves, Płotka Magdalena: Modułowy enzym lityczny MLE-19 jako potencjalny
protektant produktów mleczarskich przed kontaminacją Salmonella sp., 2024, III Sympozjum
Bakteriofagowe 2024, poster - Ciemińska Karolina, Kaczorowska Anna, Kozłowski Łukasz Paweł, Kaczorowski Tadeusz, Płotka
Magdalena: Molekularna charakterystyka termostabilności endolizyny Ts2631 bakteriofaga
vB_Tsc2631 bakterii Thermus scotoductus, 2023, II Sympozjum Bakteriofagowe 2023, poster - Ciemińska Karolina: New insights into the remarkable thermostability of Ts2631 endolysin, 2023,
III Kongres Młodej Nauki 2023, poster - Ciemińska Karolina, Kaczorowska Anna, Płotka Magdalena: Molecular mechanism of
thermostability of Ts2631 endolysin from bacteriophage vB_Tsc2631 infecting Thermus
scotoductus , 2022, Phages 2022 Bacteriophage in Medicine, Food and Biotechnology 2022,
referat wygłoszony - Ciemińska Karolina, Kaczorowska Anna, Kaczorowski Tadeusz, Płotka Magdalena: Molekularne
aspekty zjawiska termostabilności endolizyny Ts2631 pochodzącej z bakteriofaga Thermus
scotoductus vB_Tsc2631, 2022, Sympozjum Bakteriofagowe 2022, poster - Kosznik-Kwaśnicka Katarzyna , Ciemińska Karolina, Nowak-Zaleska Alicja, Podlacha Magdalena,
Myślińska Dorota, Pierzynowska Karolina, Cyske Zuzanna, Gaffke Lidia , Rintz Estera, Mantej
Jagoda: The story of a phage cocktail: effectiveness of phage cocktail against
S. Typhimurium on in vitro and in vivo models, 2022, Viruses of Microbes Conference 2022,
poster - Ciemińska Karolina, Grabowski., Pinna Marika, Kosznik-Kwaśnicka Katarzyna, Węgrzyn Alicja: The
differences in phage life cycle depending on growth conditions of the host and host serotype,
2019, IV International Sopot Youth Conference „Where the World is heading?” 2019, referat
wygłoszony - Ciemińska Karolina: The differences in phage life cycle depending on growth conditions of the
host and host serotype and their adaptation, 2019, Phages 2019 Bacteriophage in Medicine,
Food and Biotechnology 2019, referat wygłoszony - Kosznik-Kwaśnicka Katarzyna, Ciemińska Karolina, Grabowski Łukasz, Jurczak-Kurek A., Węgrzyn
Alicja: The effects of different growth conditions of the host on phage efficacy against Salmonella
enterica contamination of poultry and poultry-derived products, 2019, XV International Scientific
Conference for Students and PhD Students „Youth and Progress of Biology” 2019, referat
wygłoszony
Projekty naukowe
Miałam okazję brać udział w kilku projektach, sama uzyskałam 2 w ramach finansowania małych projektów na Wydziale Biologii otrzymałam dwa z nich.
Kierownik projektu
- Konkurs Projektów Badań Młodych Naukowców 2024, Wydział Biologii, Uniwersytet Gdański
„Trójwymiarowe modele białek będących strukturalnymi homologami endolizyny Ts2631 oraz
analiza funkcjonalna rekombinowanych enzymów i ich wariantów substytucyjnych” 539-D100-B168-24 - Konkurs Projektów Badań Młodych Naukowców 2022, Wydział Biologii, Uniwersytet Gdański
„Molekularny mechanizm wiązania substratu endolizyny Ts2631” 539-D100-B957-22
Wykonawca w projekcie
- EUREKA 2025 – UGrants „ Mechanizmy molekularne leżące u podstaw oporności wielolekowej
u uropatogenów” 533-D000-GE13-25 - Narodowe Centrum Nauki OPUS20 „Analiza molekularna stabilności termicznej endolizyn
z ekstremofilnych bakteriofagów na drodze zwalczania bakterii Gram-ujemnych” 2020/39/B/NZ6/00589 - Narodowe Centrum Nauki OPUS14 2017/27B/NZ9/0039”Biologiczne badania efektywności
i bezpieczeństwa terapii fagowej na modelu zakażeń kurcząt wywołanych szczepami Salmonella”
Opieka nad pracami dyplomowymi
W laboratorium sprawowałam opiekę nad studentami zarówno praktyczną, jak i merytoryczną planując eksperymenty. Muszę przyznać, że pracowałam z bardzo zaangażowanymi studentkami.
Prace licencjackie
- Aleksandra Kowalewska: „Porównanie wydajności nadprodukcji mezofilnej endolizyny K11gp3.5 w różnych szczepach Escherichia coli”, 2023
- Rozalia Kobierzyńska: „Optymalizacja oczyszczania mezofilnej endolizyny K11gp3.5 bakteriofaga K11 infekującego Klebsiella pneumoniae”, 2023
Prace magisterskie
- Aleksandra Kowalewska: „Analiza funkcjonalna potencjalnej autolizyny LytA27 z Clostridium beijerinckii i autolizyny LytO3i z Nocardia brasiliensis”, 2025
- Rozalia Kobierzyńska: „Analiza funkcjonalna lizyny Lyc2 z Clostridium felsineum i autolizyny LytO z Staphylococcus aureus, mezofilnych homologów termofilnej endolizyny Ts2631 bakteriofaga vB_Tsc2631 Thermus scotoductus”, 2025
- Nikola Lewandowska: „Aktywność i stabilność termiczna mezofilnej endolizyny K11gp3.5 bakteriofaga K11 Klebsiella pneumoniae”, 2024
- Małgorzata Baranowska: „Otrzymanie, optymalizacja oczyszczania i wstępna charakterystyka wariantu substytucyjnego W53A termostabilnej endolizyny Ts2631 bakteriofaga vB_Tsc2631 Thermus scotoductus”, 2022
Inne aktywności
Poza tym angażuję się w popularyzację nauki, od 2023 biorę udział w Nocy Biologów, gdzie najpierw prowadziłam stanowisko informacyjne, a już w roku 2026 po raz trzeci będę współprowadzić warsztaty w barwienia bakterii metodą Grama.
Poza tym raz w roku prowadzę 2-dniowe warsztaty dla uczniów szkół licealnych z zakresu mikrobiologii. W ramach doktoratu prowadziłam ćwiczenia z Mikrobiologii Ogólnej.
Aktywnie też angażuję się w życie Uniwersytetu biorąc udział w takich wydarzeniach jak: Dni Otwarte UG, Organizacja Kongresu Młodej Nauki od III edycji, czy będąc członkiem Zespołu ds. promocji Wydziału Biologii UG.
Jestem też członkiem dwóch stowarzyszeń:
- Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów (PTM),
- Polskiego Towarzystwa Badań nad Wirusami Mikroorganizmów.
Poza tym biorę udział w różnych kursach i szkoleniach, czy szkołach letnich. W 2023 roku brałam udział w warsztatach z personalizowanej terapii fagowej, jaka miała miejsce w Brukseli, w Belgii. Były one organizowane przez Belgijskie Stowarzyszenie Wirusów Mikroorganizmów i odbyły się w ośrodku terapii fagowej, w Szpitalu Wojskowym im. Królowej Astrid. Dzięki temu zobaczyłam, jak pracuje się w takim ośrodku, poznałam nieco historię terapii fagowej w Belgii i poznałam wiele ciekawych osób.
Na bieżąco aktualizuję swoją wiedzę i mam nadzieję dzielić się nią z Wami!